华东地区AMF菌种保藏与研发中心
East China AMF Strain Collection and R&D Center

分子生物学鉴定方法

DNA提取:

1. 从纯化的培养物筛取孢子,挑出有活力的孢子,用灭菌的蒸馏水洗净;

2. 将3-20个孢子用移液器转移到1.5 mL的灭菌离心管底部,使水尽量少,将装有孢子的离心管置于冰上;

3. 将水浴锅开到94℃,将Taq聚合酶配套的buffer解冻后置于冰上;

4. 用枪头将孢子捣碎,使其内容物释放出来。该过程也要在体视镜下进行,以便能看到孢子和确保内容物(包含DNA)释放出来。因为孢子周围液体很少,因此不会有太多滑动。

5. 将枪头在离心管底部的壁上边刮边拿出来,使得孢子不会被带出来;

6. 一旦孢子破碎,立即向离心管中加入10 ul冰的Taq聚合酶buffer,立即放入94℃水浴4min使得DNA酶失活;

7. 水浴4 min之后,立即将离心管置于冰上,这个时候DNA可被用于PCR扩增或者保存于-20℃。

参考:https://invam.ku.edu/dna-extraction(里面有一些图片)

PCR扩增与克隆测序:

引物使用:

引物集 引物名称 序列
SSUmAf SSUmAf1 TGGGTAATCTTTTGAAACTTYA
SSUmAf2 TGGGTAATCTTRTGAAACTTCA
SSUmCf SSUmCf1 TCGCTCTTCAACGAGGAATC
SSUmCf2 TATTGTTCTTCAACGAGGAATC
SSUmCf3 TATTGCTCTTNAACGAGGAATC
LSUmAr LSUmAr1 GCTCACACTCAAATCTATCAAA
LSUmAr2 GCTCTAACTCAATTCTATCGAT
LSUmAr3 TGCTCTTACTCAAATCTATCAAA
LSUmAr4 GCTCTTACTCAAACCTATCGA
LSUmBr LSUmBr1 DAACACTCGCATATATGTTAGA
LSUmBr2 AACACTCGCACACATGTTAGA
LSUmBr3 AACACTCGCATACATGTTAGA
LSUmBr4 AAACACTCGCACATATGTTAGA
LSUmBr5 AACACTCGCATATATGCTAGA

第一次PCR SSUmAf/LSUmAr 1800bp
第二次PCR SSUmCf/LSUmBr 1500bp


测序结果通过Blast比对。

PCR条件参考文献: